光學顯微鏡是一個總稱，生物顯微鏡是其中的一種。生物顯微鏡是用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。

生物顯微鏡從觀察時試樣放置在物鏡的位置來區分，分正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡。

正置生物顯微鏡被觀察試樣在物鏡的正下方。主要觀察切片或者載玻片上的試樣。倒置生物顯微鏡被觀察物體在物鏡的正上方，主要觀察培養皿里的物體。

生物顯微鏡可供醫療衛生單位、高等院校、研究所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，還可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。